تا قبل از آنکه مدیریت و امامت مسجد تازه تاسیس جلیلی تهران را بر عهده بگیرد، با هم مباحثه‌ای‌های خود در مسجد لرزاده‌ی تهران بساط درس و علم می‌گشود و درس مکاسب می‌آموخت. وقتی به مسجد جلیلی تهران آمد و امامت آن را پذیرفت، اولین کاری که کرد جوانان را دور خود جمع کرد و علاوه بر کلاس‌های تقویتی، آنها را درس دین و انقلاب آموخت.
آیت‌الله مهدوی کنی فقیه و دانشمندی زمان‌شناس و یار صادق انقلاب بود که در حوزه‌های علمیه تربیت یافته بود و بعد از آنکه وارد سمت‌های اجرایی مختلف شد؛ از مسجد تا امورات دولتی، وجهه همت خود را بر توسعه علوم دینی به شیوه سنتی نهاد و دانشگاه امام صادق(ع) را تاسیس نمود تا محفل همیشگی علم‌آموزی و دینداری برای جوانان باشد:
ایده‌های مسجدی
درس‌های انقلاب، چاشنی درس‌های مدرسه
آیت‌الله مهدوی کنی بعد از منصوب شدن به امامت جماعت مسجد جلیلی، درسنگر مبارزه این طور صلاح دید که فعالیت را با جوانان شروع کند. لذا در اولین گام به عنوان کلاس‌های درس؛ هم درس عربی برای بچه‌‌ها و هم درس‌های دیگر که تقویت دروس دبیرستانی آنها باشد برگزار کردند و به این عنوان، ضمن تقویت درس‌شان، مسائل دینی، انقلابی، سیاسی و … را نیز مطرح می‌کردند.
شب‌های بصیرت با جوانان مسجد
آیت‌الله مهدوی کنی در خاطرات خود نقل کرده‌اند؛ شب‌های شنبه جلسه‌ای برای جوانان داشتم. از جمله بحث‌ها مربوط به اقتصاد اسلامی بود. در حدی که مطالعه داشتم، بحث‌هایی در این زمینه مطرح می‌کردم. علت شروع بحث اقتصادی هم این بود که مارکسیست‌ها جوانها را منحرف می‌کردند.
از یک طرفع اوضاع مملکت به گونه‌ای بود که جوانها را به سوی بی بند و باری و فساد سوق می‌داد و از طرف دیگر، جوان‌هایی که به مبارزه علاقه داشتند معمولاً جذب چپی‌ها و کمونیست‌ها می‌شدند. به این جهت مصلحت دیدیم که برای حفظ و هدایت جوان‌های مسلمان این گونه فعالیت‌ها را آغاز کنم.
تاسیس اولین صندوق کمک به خانواده‌های بی‌بضاعت
از کارهای دیگر آیت‌الله مهدوی کنی، تأسیس صندوق کمک به خانواده‌های بی‌بضاعت بود. هدف از تأسیس این بود که به خانواده‌های بی‌بضاعت کمک شده و در پوشش این صندوق کار سیاسی انجام گیرد. بیماران بسیاری توسط آن صندوق در بیمارستان بستری و به خانواده‌های زندانی و به امثال اینها کمک می‌شد.
موجودی صندوق هم از این راه تأمین می‌شد که در مغازه‌ها، مراکز بزرگ و حتی بیمارستان‌ها قبل از اینکه کمیته امداد این سنت را اجرا کند، صندوق‌هایی به عنوان صندوق‌های اعانه و کمک به محرومین و بی‌بضاعت‌ها نصب گردید و مردم وجوهی در این صندوق‌ها می‌‌ریختند، ماهیانه پول‌هایی جمع شده و صرف امور مربوطه می‌شد.
پیام تسلیت رهبر معظم انقلاب به مناسبت درگذشت ایشان:
«این عالم بزرگوار همه‌جا و همه‌وقت در موضع یک عالم دینی، یک سیاستمدار صادق و یک انقلابی صریح ظاهر شد و هرگز ملاحظات شخصی و انگیزه‌های جناحی و قبیله‌ای را به حیطه فعالیت‌های گسترده و اثر‌گذار خود راه نداد. این انسان بزرگ و پرهیزگار همه وزن وزین خود را در همه حوادث این ده‌‌ها سال در کفه حق و حقیقت نهاد و در دفاع از راه و سیره انقلاب و نظام، کوتاهی نورزید. رحمت و رضوان الهی بر روان پاک او باد.» ۲۹/ ۷/ ۹۳
